1997年新刑法在分则中专设一节“破坏环境资源保护罪”，是我国环境刑事立法初步建立的一个重要标志。从理论研究及发展的角度看，水污染犯罪主要是囊括在重大环境污染事故罪中。重大环境污染事故罪事实上是一个总括性罪名，涵括了大气污染、海洋污染、内水污染、土地污染等内容。在司法认定上，对水污染犯罪的认定，也主要是作为重大环境污染事故罪的客观表现之一进行认定的。

我国在刑事立法上的相对总括和粗疏，与我国在环境保护上重行政、民事制裁，轻刑事制裁不无关系。我国一贯侧重于运用行政制裁手段进行环境保护，而行政手段的局限性又使其在保护环境的作用上大打折扣。很多时候，采用行政处罚手段往往很难起到威慑作用。而民事制裁是国家司法机关对超标排污或破坏环境造成实际损害的行为主体，责令给予一定金钱或物资补偿的措施，它的适用前提条件之一是必须造成了实际的人身或财产损失的后果。现实中大量的水污染事件，造成了人身或财产损失的往往是同时对水生态造成了破坏，即往往多属于水污染的结果犯，但通常采用的仍是民事赔偿损失这种形式来处理，而极少采用刑事手段，从而助长了以赔偿代刑罚之现象蔓延。这种刑事制裁几乎空转的状态，很难面对日益严重的水污染问题。

现实中，我国环境污染事故频发，但真正进入刑事程序的案件寥寥无几，折射出重大环境污染事故罪存在立法缺陷。因此，2011年新实施的《刑法修正案(八)》将重大环境污染事故罪变更为污染环境罪，降低了入罪门槛，取消了以“致使公私财产遭受重大损失或人身伤亡的严重后果”为定罪标准，但新罪仍存在司法适用困难。因而，有必要通过完善刑事立法的手段，及时惩治这种犯罪，同时也可通过刑法的威慑力，更好地预防水污染事件的发生。